Dictamen O-01-S-01843-2026

1. Mediante el oficio de antecedente, la Ilustre Municipalidad que se indica, solicita a esta Superintendencia pronunciarse respecto del pago del Subsidio por Incapacidad Laboral (SIL) a las y los funcionarios del Departamento de Administración de Educación Municipal (DAEM) que se rigen exclusivamente por el Código del Trabajo. Dicha solicitud tiene su origen en la situación de determinados funcionarios afiliados a FONASA, quienes, habiendo presentado licencias médicas durante el mes de febrero de 2026, las cuales fueron debidamente tramitadas y autorizadas, pero no percibieron el pago del subsidio respectivo. Lo anterior, ha generado una controversia respecto a la determinación de la entidad responsable de efectuar dicho pago.

Adicionalmente, plantea que de conformidad al dictamen N° 52.541, de 2010, de la Contraloría General de la República, corresponde realizar el pago del SIL a la entidad previsional a la cual se encuentre afiliado la o el trabajador, salvo que se haya celebrado un convenio para que el pago lo haga el empleador. Si no existe convenio alguno, la municipalidad debiese sólo pagar el monto que no sea cubierto por la entidad previsional de salud, si correspondiere. Esto, de conformidad al artículo 19 del D.F.L. N°44, de 1978, el cual, según esa Municipalidad, debiese interpretarse armónicamente con el artículo 69 de la ley N°18.382.

Por otro lado, hace presente que la jurisprudencia administrativa de la Contraloría (dictámenes N°s. 38.842, de 2006, y 9.554, de 2020) han precisado que las Cajas de Compensación de Asignación Familiar (C.C.A.F.) únicamente están facultadas para administrar el régimen de SIL respecto de las y los funcionarios que están afectos a estatutos especiales y que estén afiliados a FONASA y la C.C.A.F. respectiva. En ese contexto, no correspondería que la C.C.A.F. determine y pague el SIL de estos funcionarios, siendo la Comisión de Medicina Preventiva e Invalidez (COMPIN) respectiva la obligada a calcular y pagar los montos correspondientes del SIL.

En razón de lo expuesto, la Ilustre Municipalidad solicita a esta Superintendencia un pronunciamiento para determinar qué entidad se encuentra obligada al pago del SIL respecto de las y los funcionarios del DAEM regidos exclusivamente por el Código del Trabajo. En particular, solicita ratificar que es la COMPIN competente de efectuar dicho pago a estos trabajadores que están afiliados a FONASA. Por último, requiere a este Ente Fiscalizador precisar el alcance de la obligación municipal de enterar y, en cuando corresponda, complementar las remuneraciones durante el período de licencia médica, conforme a la normativa vigente.

2. Que, con fecha 15 de abril de 2026, la C.C.A.F. envió una serie de antecedentes en relación al pago del SIL de un conjunto de trabajadores regidos exclusivamente por el Código del Trabajo, quienes trabajan en los departamentos de salud y educación de la Ilustre Municipalidad de Puerto Montt.

Del análisis de los antecedentes, se desprende que la COMPIN Regional, informa que, por instrucción del Departamento Nacional de la COMPIN, no estaría facultada para efectuar el pago directo del SIL a estos funcionarios. En su lugar, dicha gestión correspondería a la C.C.A.F.

Lo anterior, se fundaría en que, bajo este régimen de contratación, la Ilustre Municipalidad no tiene la obligación legal de mantener la remuneración íntegra de las y los funcionarios durante el período de licencia médica. Por tanto, la Municipalidad debe tramitar las licencias médicas designando como entidad pagadora a la citada Caja de Compensación. Asimismo, dicha C.C.A.F. debe proceder al pago directo del subsidio a las y los beneficiarios y no bajo la modalidad de "empleador con convenio", precisamente al no existir un deber de continuidad en el pago de remuneraciones por parte del municipio.

3.- Sobre el particular, esta Superintendencia cumple con manifestar que, de conformidad al artículo 1° del D.S. N°3, de 1984, se entiende por licencia médica el derecho que tiene el trabajador de ausentarse o reducir su jornada de trabajo, durante un determinado lapso de tiempo, en cumplimiento de una indicación profesional certificada por un médico- cirujano, cirujano-dentista o matrona, según corresponda, reconocida por su empleador en su caso, y autorizada por la COMPIN de la Secretaría Regional Ministerial de Salud (SEREMI de Salud) o ISAPRE, según corresponda.

Durante la vigencia de la licencia médica, la o el trabajador podrá gozar del SIL con cargo a la entidad de previsión respectiva o de la remuneración regular de su trabajo o de ambas en la proporción que corresponda.

Asimismo, el artículo 19 del D.F.L. N°44, de 1978, establece que el pago del SIL corresponde a la entidad previsional respectiva. No obstante ello, el mismo artículo permite a estas entidades pagadoras celebrar convenios de pago de subsidios con los empleadores, para que estos lo realicen directamente a sus trabajadores.

En consecuencia, por regla general, tratándose de las y los trabajadores del sector privado, en caso de presentar una licencia médica de origen común y que esta sea autorizada, corresponderá que la entidad previsional respectiva o el empleador que así lo haya convenido con dicha entidad, pague el SIL correspondiente.

Por otra parte, respecto al sector público, la regla general establece que la o el funcionario mantiene su derecho a percibir la remuneración íntegra durante la vigencia de una licencia médica de origen común, en lugar del SIL. Esta obligación del empleador público emana de los diversos regímenes estatutarios que rigen a la Administración del Estado, los cuales consagran expresamente la continuidad de la remuneración. Entre estas normas se encuentran el Estatuto Administrativo (artículo 11 de la ley N°18.834), el Estatuto Administrativo de Funcionarios Municipales (artículo 110 de la ley N°18.883), el Estatuto para las y los funcionarios de la atención primaria de salud (artículo 19 de la ley N°19.378), el Estatuto para las y los profesionales de la educación (artículo 38 de la D.F.L. N°1, de 1997, del Ministerio de Educación) y el Estatuto para las y los asistentes de la educación pública (artículo 4° de la ley N°19.464).

En consecuencia, bajo estos estatutos especiales, es el empleador público quien asume el pago íntegro de la remuneración, teniendo el derecho a cobrar el SIL respectivo. Si la persona es funcionaria pública y está afiliada a FONASA, el empleador deberá solicitar el pago del SIL a la SEREMI de Salud o la C.C.A.F., respectiva. En caso contrario, corresponde solicitarlo a la ISAPRE respectiva.

No obstante lo anterior, en el sector público también existen relaciones laborales regidas por el Código del Trabajo y, en consecuencia, por el D.F.L. N°44, de 1978. En el caso particular de las municipalidades, el artículo 3° del Estatuto Administrativo de Funcionarios Municipales señala que quienes efectúen actividades en forma transitoria en municipalidades que cuenten con sectores turísticos o de recreación estarán sujetos a las normas del Código del Trabajo. Del mismo modo, aquellas personas que se desempeñen en servicios traspasados desde organismos o entidades del sector público y que administre directamente la municipalidad se regirán también por las normas del Código del Trabajo.

En seguida, el artículo 18 del D.L. N°3.529, de 1980, señala que las y los funcionarios del Estado regidos por el Código del Trabajo que se acojan a licencia por enfermedad común, tendrán derecho a percibir las remuneraciones no imponibles que les correspondieren, las que les serán pagadas por la respectiva entidad empleadora.

Luego, el artículo 69 de la ley N°18.382, extiende la aplicación del mencionado artículo 18 a las y los trabajadores de las municipalidades regidos por el Código del Trabajo.

En ese contexto, la jurisprudencia administrativa de la Contraloría General de la República ha concluido, entre otros, en los dictámenes N°s. 38.842, de 2006, y 45.242, de 2014, que el alcance del referido artículo 18 conlleva a las municipalidades a enterar el saldo no cubierto por el SIL hasta completar el total de remuneraciones de la o el trabajador, pues la intención del legislador fue la de equiparar al personal estatal regido por la preceptiva del sector privado, con el resto de las y los funcionarios públicos afectos a estatutos especiales. Lo anterior, a juicio de la Contraloría, también implica que la municipalidad se haga cargo de los días de carencia contemplados en el artículo 14 del D.F.L. N°44, de 1978, de conformidad al dictamen N°52.541, de 2010.

Por otro lado, conforme a lo dispuesto en el artículo 19 N°2 de la ley N°18.833, las C.C.A.F. se encuentran facultadas para administrar el régimen de SIL respecto de trabajadores afiliados afectos al Código del Trabajo del sector privado; de las empresas autónomas del Estado y de aquéllas en que éste o las entidades del sector público tengan participación mayoritaria; y de las y los funcionarios de atención primaria de salud, y profesionales de la educación. Atendido el tenor del citado artículo, las C.C.A.F. no están facultadas para administrar los regímenes de SIL de las y los funcionarios municipales regidos por la ley N°18.883 o por el Código del Trabajo.

Al respecto, cabe señalar que la Contraloría General de la República ha señalado en su dictamen N°9.554, de 2020, que las C.C.A.F. solo se encuentran habilitadas para administrar los regímenes de SIL respecto de aquellos funcionarios municipales que estén afiliados a una de ellas, que no estén afiliados a una ISAPRE, y que se rijan por la ley N°19.378 (atención primaria de salud) o por el D.F.L. N°1, de 1997, del Ministerio de Educación (profesionales de la educación). En consecuencia, respecto de las y los funcionarios municipales regidos por la ley N°18.883 y que estén afiliados a FONASA, la Municipalidad deberá recuperar el SIL ante la SEREMI de Salud respectiva, procediendo que la solicitud pertinente sea dirigida a ésta con copia a la COMPIN que dependa de la misma, o a la Subcomisión, según corresponda.

No obstante la jurisprudencia administrativa de la Contraloría, de conformidad al numeral 2.1.4. del Título I del Libro II del Compendio de Normas que regulan a las Cajas de Compensación de Asignación Familiar de esta Superintendencia, las y los funcionarios municipales regidos por la ley N°18.883 puedan afiliarse a una C.C.A.F. sólo para los efectos de acceder a las prestaciones de los regímenes de crédito social, de prestaciones adicionales y complementarias que las C.C.A.F. otorgan en conformidad con la ley N°18.833 y los reglamentos de dicho cuerpo legal.

Establecido lo anterior, en relación a la consulta de la Ilustre Municipalidad, de conformidad a la normativa vigente y la jurisprudencia administrativa, las y los funcionarios municipales regidos por el Código del Trabajo que presenten una licencia médica de origen común y tengan derecho al subsidio por cumplir con los requisitos para ello, recibirán el pago del SIL a través de la entidad previsional respectiva o el empleador que así lo haya convenido con dicha entidad. Por su parte, la municipalidad empleadora deberá enterar el saldo no cubierto por el SIL hasta completar el total de remuneraciones de la o el trabajador.

Por otro lado, en cuanto al rol de la C.C.A.F respecto de las y los funcionarios municipales regidos exclusivamente por el Código del Trabajo y afiliados a FONASA, atendida la normativa vigente, las Cajas no pueden administrar los regímenes de SIL de estos funcionarios municipales. En consecuencia, es a la COMPIN respectiva a quien le corresponde el cálculo y pago del SIL al trabajador, en tanto que la municipalidad debe pagar directamente al trabajador el saldo no cubierto por el SIL hasta completar el total de sus remuneraciones. Esto, no obsta a que estos funcionarios puedan estar afiliados a la C.C.A.F. sólo para los efectos de acceder a las prestaciones de los regímenes de crédito social, de prestaciones adicionales y complementarias que las C.C.A.F.

4. En consecuencia, tratándose de las y los funcionarios municipales regidos exclusivamente por el Código del Trabajo y afiliados a FONASA, el cálculo y pago del subsidio de incapacidad laboral corresponde a la COMPIN competente y no a la Caja de Compensación, toda vez que estas últimas carecen de facultades para administrar los regímenes de subsidio de incapacidad laboral de este tipo de personal.

Por lo anterior, se instruye a la COMPIN proceder, a la brevedad, a proceder con el cálculo y pago de los montos correspondientes a los subsidios por incapacidad laboral de las y los funcionarios del DAEM individualizados en los antecedentes aportados por la C.C.A.F. Lo anterior, de conformidad con los antecedentes de las licencias médicas debidamente autorizadas y bajo el estricto cumplimiento de la normativa señalada precedentemente.