Dictamen O-01-S-02937-2026

1. Por medio de Ord. N°1051, de 03/07/2026, del Director (S) Servicio de Salud, se ha solicitado a esta Superintendencia un pronunciamiento respecto de la aplicación temporal de la Circular SUSESO N° 3.906, de 28 de noviembre de 2025, específicamente en lo relativo a la procedencia de exigir la restitución de Subsidios por Incapacidad Laboral pagados respecto de licencias médicas emitidas con anterioridad al 2 de mayo de 2026. Además, se requiere informar sobre la procedencia de exigir la restitución de Subsidios por Incapacidad Laboral correspondientes a licencias médicas emitidas con anterioridad al 2 de mayo de 2026 y confirmar que las situaciones derivadas de licencias médicas emitidas con anterioridad a la fecha indicada deben resolverse conforme al régimen normativo e interpretativo vigente al momento de su emisión, resguardando los principios de irretroactividad, seguridad jurídica y confianza legítima que informan el actuar de la Administración.

2. Sobre la aplicación y vigencia de las instrucciones contenidas en la Circular SUSESO N° 3.906, de 28 de noviembre de 2025, podemos señalar como contexto lo siguiente:

a) Haciendo uso de las facultades conferidas en la Ley N° 16.395 y lo dispuesto en las Leyes N°s 18.196, 18.833, 18.883, 19.117 y 19.378; los D.F.L. N°44, de 1978, del Ministerio del Trabajo y Previsión Social; N°1, de 1997, del Ministerio de Educación; N°1, de 2005, del Ministerio de Salud; N° 29, de 2005, del Ministerio de Hacienda; y, el D.S. N° 3, de 1984, del Ministerio de Salud, esta Superintendencia estimó necesario complementar sus instrucciones estableciendo un procedimiento de pago, en la circular N°3.906, de 2025, para el reembolso de los empleadores del sector público, del subsidio por incapacidad laboral, que le habría correspondido al funcionario con licencia médica, y incorporando a empleadores del sector privado en convenio.

b) Lo anterior, considerando que durante la vigencia del reposo indicado en la licencia médica, los funcionarios, profesionales de la educación y personal de salud primaria municipal, continúan gozando del total de sus remuneraciones, conforme lo dispone el artículo 111 del D.F.L. N° 29, de 2005, del Ministerio de Hacienda, que fija el texto refundido, coordinado y sistematizado de la Ley N°18.834, el artículo 110 de la Ley N°18.883, el artículo 38 del D.F.L. N°1, de 1997, del Ministerio de Educación y el artículo 19 de la Ley N°19.378. Por consiguiente, la entidad pagadora del subsidio no debe pagar a esos funcionarios el subsidio por incapacidad laboral y las cotizaciones.

c) Como contrapartida, el artículo único de la Ley N°19.117, el artículo 19 de la Ley N°19.378 y el artículo 12 de la Ley N°18.196 establecen que, las SEREMI de salud, a través de la Subsecretaría de Salud Pública, y las C.C.A.F., tienen la obligación de pagar al empleador del sector público una suma equivalente al mínimo del subsidio por incapacidad laboral que le habría correspondido al funcionario conforme a las disposiciones del D.F.L. N° 44, de 1978, del Ministerio del Trabajo y Previsión Social, dentro de los diez primeros días del mes siguiente a aquel en que se haya ingresado la presentación de cobro respectiva.

d) Considerando que el procedimiento vigente hasta el 01 de mayo del año en curso, obligaba al empleador a ingresar la presentación de cobro respectiva, esta Superintendencia ha interpretado, las fuentes legales precitadas, en el sentido de que el sólo ingreso a tramitación de la licencia médica por el trabajador, con sus antecedentes, implica el cobro del empleador del sector público ante las C.C.A.F. o la Subsecretaría de Salud Pública, sin necesidad de trámites adicionales, quedando la obligación de pago sujeta a la condición de que la misma sea autorizada, o se entienda autorizada, total o parcialmente, por la COMPIN o SubCOMPIN o bien, haya sido autorizada mediante resolución exenta de esta Superintendencia, aun cuando no hubiere sido redictaminada por la COMPIN o SubCOMPIN. De esta manera, la obligación de pago vencerá el décimo día del mes siguiente desde verificada esa condición.

e) En efecto, conforme a los artículos 5 y 67 del D.S. N° 3, de 1984, del Ministerio de Salud, la tramitación de las licencias médicas implica la intervención de, entre otros, los empleadores, las C.C.A.F. y las COMPIN y, conforme al artículo 151 del D.F.L. N°1, de 2005, del Ministerio de Salud, es el trabajador quien requiere el pago del subsidio por incapacidad laboral ante la COMPIN o la C.C.A.F. En concordancia con lo anterior, el artículo 28 de dicho decreto supremo establece que, en el caso de los trabajadores no afiliados a una Isapre, las licencias que dan origen al pago de subsidios se enviarán por la COMPIN, para su pago, a la Oficina de Subsidios que corresponda. Por consiguiente, desde que se verifica la condición señalada en el párrafo anterior, las C.C.A.F. y la Subsecretaría de Salud Pública se constituyen en deudoras del monto equivalente al mínimo del subsidio y cotizaciones previsionales, debiendo desplegar un rol activo para realizar el pago, atendida su calidad de entidad pagadora del subsidio, ello dentro de los diez primeros días del mes siguiente a ese hecho.

f) Por lo anterior, se estableció el procedimiento que, tanto las C.C.A.F. como la Subsecretaría de Salud Pública, deben seguir para pagar al empleador del sector público la suma equivalente al subsidio y cotizaciones, que le habría correspondido al funcionario público, con licencia médica, emitidas a partir de del 02 de mayo de 2026.

3. Por su parte y respondiendo sobre el procedimiento aplicable a las licencias médicas emitidas con anterioridad al 02 de mayo del año 2026, continúa plenamente vigente la normativa contenida en las fuentes legales señaladas anteriormente, en las que se establece que las SEREMI de salud, a través de la Subsecretaría de Salud Pública, y las C.C.A.F., tienen la obligación de pagar al empleador del sector público una suma equivalente al mínimo del subsidio por incapacidad laboral que le habría correspondido al funcionario conforme a las disposiciones del D.F.L. N° 44, de 1978, del Ministerio del Trabajo y Previsión Social, dentro de los diez primeros días del mes siguiente a aquel en que se haya ingresado la presentación de cobro respectiva. Se mantienen en vigor además, las instrucciones sobre esta materia contenidas en el Libro III, IV y VII, de la versión vigente hasta el 01 de mayo de 2026, del Compendio de Normas sobre Licencias Médicas, Subsidios por Incapacidad Laboral y Seguro SANNA, que se única en el siguiente link: https://www.suseso.gob.cl/622/w3-article-779065.html.

4. Finalmente, esta Superintendencia entiende resuelta la consulta.