La Subsecretaría de Salud Pública y las C.C.A.F. deberán pagar al empleador del sector público y del sector privado en convenio, el monto equivalente al subsidio por incapacidad laboral de origen común y los subsidios maternales suplementarios, que le habría correspondido recibir al funcionario o trabajador con reposo médico. En el caso del empleador del sector público ese pago incluirá, además, las cotizaciones previsionales. El pago señalado no podrá exceder del monto que efectivamente hubiere pagado el empleador por concepto de remuneración, excepto cuando se deban aplicar reajustes e intereses por el pago extemporáneo.

Tratándose de la Subsecretaría de Salud Pública, las presentes instrucciones se aplicarán en aquellos casos en que, conforme a la normativa vigente, las disposiciones contenidas en la respectiva Ley de Presupuestos de cada año y las instrucciones que al efecto imparta la Dirección de Presupuestos, resulte procedente la solicitud de reembolso.

Por otro lado, las Isapres se regirán en esta materia por las instrucciones que la Superintendencia de Salud imparta al efecto, entre ellas, las contenidas en el Compendio de Normas Administrativas en Materia de Beneficios y Compendio de Normas sobre Procedimientos, no obstante, les son aplicables las instrucciones contenidas en el literal c), de la letra C), de este numeral.

Dependiendo de la naturaleza del empleador, las entidades pagadoras del subsidio señaladas deberán seguir los procedimiento y reglas que se detallan a continuación:

1. PROCEDIMIENTO DE PAGO AL EMPLEADOR DEL SECTOR PÚBLICO, DEL MONTO EQUIVALENTE AL MÍNIMO DEL SUBSIDIO DEL FUNCIONARIO
   
   Durante la vigencia del reposo indicado en la licencia médica, los funcionarios públicos, profesionales de la educación y personal de salud primaria municipal, continúan gozando del total de sus remuneraciones, conforme lo dispone el artículo 111 del D.F.L. N° 29, de 2005, del Ministerio de Hacienda que fija el texto refundido, coordinado y sistematizado de la Ley N°18.834, el artículo 110 de la Ley N°18.883, el artículo 38 del D.F.L. N°1, de 1997, del Ministerio de Educación y el artículo 19 de la Ley N°19.378.
   
   Sin perjuicio de lo anterior, en virtud del artículo único de la Ley N°19.117, el artículo 19 de la Ley N°19.378 y el artículo 12 de la Ley N°18.196, las Secretarías Regionales Ministeriales (SEREMI), Instituciones de Salud Previsional (ISAPRES), FONASA y las Cajas de Compensación de Asignación Familiar (C.C.A.F.), tienen la obligación de pagar a los empleadores del sector público, a los que pertenezcan los funcionarios acogidos a licencia médica que indican, una suma equivalente al mínimo del subsidio que le habría correspondido conforme a las disposiciones del D.F.L. N°44, de 1978, del Ministerio del Trabajo y Previsión Social.
   
   De esta manera, durante el reposo médico, los funcionarios, profesionales de la educación y personal de salud primaria municipal, no perciben subsidio, sino que continúan gozando del total de sus remuneraciones. Como contrapartida, los empleadores del sector público de esos funcionarios tienen derecho a cobrar una suma equivalente al mínimo del subsidio que le habría correspondido al funcionario, conforme a las disposiciones del D.F.L. N°44, de 1978, del Ministerio del Trabajo y Previsión Social. En particular, la Subsecretaría de Salud Pública y las C.C.A.F. deberán pagar a este el subsidio conforme a lo dispuesto en los artículos 8 y 22 del citado D.F.L. N°44 y el artículo 17 del D.L. N°3.500, de 1980, incluida la cotización a que se refiere el párrafo quinto del número 7, del Título I, de este Libro III.
   
   Para estos efectos, cumplidos los requisitos del artículo 4 del referido DFL N° 44, el sólo ingreso a tramitación de la licencia médica del trabajador ante la C.C.A.F. o COMPIN, con sus antecedentes, implica el cobro del reembolso respectivo, quedando la obligación de pago de la entidad pagadora, sujeta a la condición de que la licencia médica, en forma completa o reducida, sea autorizada, o se entienda autorizada por la COMPIN o SubCOMPIN, o bien, sea autorizada mediante resolución exenta de esta Superintendencia, aún cuando no hubiere sido redictaminada por la COMPIN o SubCOMPIN. La obligación de pago vencerá el décimo día del mes siguiente desde que se cumpla esa condición.
   
   Para efectos de evitar reembolsos que excedan del monto pagado a título de remuneración, la entidad empleadora deberá remitir a la Subsecretaría de Salud Pública o a las C.C.A.F., según corresponda, la liquidación de remuneración correspondiente al periodo que se debe reembolsar.
   
   Cuando no se hubieren acompañado los antecedentes necesarios para el cálculo del subsidio, se suspenderá el plazo de diez días señalado precedentemente y, corresponderá a la entidad pagadora, requerir la información faltante al empleador del sector público, incluida la liquidación de remuneración del periodo que corresponde reembolsar. Una vez se remitan los antecedentes señalados, continuará la contabilización del plazo.
   
   En caso de que la C.C.A.F. o la Subsecretaría de Salud Pública, según corresponda, no pague dentro del plazo señalado anteriormente, estará en mora y la deuda devengará los reajustes e intereses legales. En consecuencia, el monto se reajustará en el mismo porcentaje en que hubiere variado el Índice de Precios al Consumidor (IPC), determinado por el Instituto Nacional de Estadísticas (INE), entre el mes anterior a aquel en que debió efectuarse el pago y el precedente a aquel en que efectivamente se realice, devengando, además, el interés corriente para operaciones reajustables a que se refiere la Ley N°18.010.
   
   El reajuste procederá sólo cuando la variación del IPC en el período sea positiva y el interés corriente se aplicará sumando las tasas diarias entre la fecha en que debió efectuarse el pago y la fecha en que la C.C.A.F. o la Subsecretaría de Salud Pública pague efectivamente.
   
   En el caso de las C.C.A.F., el reajuste e interés será de cargo del Fondo Social de la respectiva C.C.A.F. que reembolsó extemporáneamente. Sin perjuicio de lo anterior, podrá efectuar el pago del reembolso conforme a los artículos 1568 y siguientes del Código Civil, en particular, el artículo 1598 en caso que el empleador del sector público no consienta en recibir el pago.
   
   Por su parte, el empleador público conservará su derecho a exigir el pago a las entidades pagadoras del subsidio de una licencia médica debidamente autorizada, sea por medios judiciales o extrajudiciales, dentro del plazo señalado en el literal d).

2. PROCEDIMIENTO DE PAGO AL EMPLEADOR DEL SECTOR PRIVADO, EN CONVENIO, DEL MONTO EQUIVALENTE AL SUBSIDIO DEL TRABAJADOR
   
   Las entidades empleadoras del sector privado pueden suscribir, con la C.C.A.F., a la que estén afiliadas o con la Subsecretaría de Salud Pública, un convenio para el pago directo del subsidio a sus trabajadores, por cuenta de ellas. En caso de suscribirlo, la entidad pagadora respectiva, sólo estará obligada a pagar al empleador un monto equivalente al subsidio que le habría correspondido al trabajador conforme lo dispone el artículo 19 del D.F.L. N°44, de 1978, del Ministerio del Trabajo y Previsión Social. De esta manera, en virtud del artículo 22 del referido decreto, la entidad pagadora seguirá obligada a pagar directamente las cotizaciones previsionales.
   
   El monto que esas entidades pagadoras del subsidio paguen, no podrá exceder del que, efectivamente, hubiere pagado el empleador por concepto de remuneración, excepto cuando se deban aplicar reajustes e intereses por el pago extemporáneo.
   
   Las C.C.A.F. y la Subsecretaría de Salud Pública deberán efectuar el pago del subsidio a las entidades empleadoras del sector privado, de la forma acordada en el convenio respectivo, el que deberá cumplir, a lo menos, lo establecido en el D.F.L. N°44, de 1978, del Ministerio del Trabajo y Previsión Social y el D.S. N° 3, de 1984, del Ministerio de Salud, siendo aplicable, sólo respecto de las C.C.A.F. la Ley N°17.322 a las obligaciones contraídas con el empleador. En este sentido, cumplidos los requisitos del artículo 4 del referido DFL N° 44, una vez la licencia médica sea autorizada o tenida por autorizada por la COMPIN o SubCOMPIN, o bien, sea autorizada mediante resolución exenta de esta Superintendencia, aún cuando no hubiere sido redictaminada por la COMPIN o SubCOMPIN, la entidad pagadora estará obligada a proceder a los trámites para su pago y demás efectos legales. La obligación de pago vencerá el décimo día del mes siguiente desde que se cumpla esa condición.
   
   Para efectos de evitar reembolsos que excedan del monto pagado a título de remuneración, la entidad empleadora deberá remitir a la Subsecretaría de Salud Pública o a las C.C.A.F., según corresponda, la liquidación de remuneración correspondiente al periodo que se debe reembolsar.
   
   Cuando no se hubieren acompañado los antecedentes necesarios para el cálculo del subsidio, se suspenderá el plazo de diez días señalado precedentemente y, corresponderá a la entidad pagadora, requerir la información faltante al empleador, incluida la liquidación de remuneración del periodo que corresponde reembolsar. Una vez se remitan los antecedentes necesarios, continuará la contabilización del plazo.
   
   En caso de que la entidad pagadora advierta que el empleador no ha pagado la remuneración a sus trabajadores, procederá a pagar directamente el subsidio al trabajador afectado, sin más trámite, atendido que es el primer obligado a ello, conforme al artículo 19 del referido D.F.L. 44. No obstante, la C.C.A.F. o Subsecretaría, deberá perseguir la restitución del monto correspondiente al subsidio, que hubiere abonado al empleador que no pagó la remuneración, y evaluará la conveniencia de mantener el convenio.

3. REGLAS COMUNES

   1. Registro de saldos adeudados al empleador del sector público o privado, en convenio
      
      Las C.C.A.F. deberán mantener permanentemente informados a los empleadores sobre los subsidios pagados y los que están disponibles para pago, a través de un registro mensual, que se actualizará con la misma periodicidad y en base a los datos del informe financiero a que se refiere el literal B), del numeral 1.1 del Título II, del Libro VII, de este Compendio. Dicho registro contendrá, tanto los subsidios disponibles para pago en el periodo que se informa como los provenientes de otros períodos, pendientes de cobro, cuyo plazo de prescripción extintiva no se hubiere cumplido, conforme al literal d), siguiente.
      
      El registro deberá estar disponible para consulta en la página web de la C.C.A.F. al que accederán las instituciones empleadoras, a través de su RUT, con clave privada de acceso que será de su uso exclusivo. El registro de consulta deberá consignar, como mínimo, los siguientes campos:

      • RUT destinatario del pago

      • Razón social destinatario del pago

      • RUN de funcionario

      • N° de la licencia médica

      • Monto a pagar ($) individualizado por RUN afiliado y número de licencia

      
      Además, las C.C.A.F. deberán disponer de una liquidación de reembolso, cuya copia será entregada a la entidad empleadora a través de un medio electrónico o, a solicitud del empleador, por medios físicos. Dicha liquidación deberá consignar, a lo menos, el RUN del trabajador, el N° de la licencia médica, su fecha de emisión, el número de días de reposo que se pagan y el detalle del cálculo del reembolso.

   2. Métodos de pago
      
      Las entidades pagadoras podrán transferir electrónicamente el pago del monto equivalente al subsidio que habría correspondido al empleador y, en el caso del sector público, las cotizaciones previsionales, mediante abonos o depósitos electrónicos en sus cuentas corrientes, desde su propia cuenta corriente o a través de convenios de pago masivo con instituciones bancarias, ajustándose a las normas establecidas sobre la materia por la Comisión para el Mercado Financiero (CMF). Si la entidad empleadora específica consiente en que los pagos se realicen a través de depósitos a su cuenta corriente, deberá dar su autorización mediante un escrito que deberá contener la identificación de la entidad empleadora, la fecha de la autorización, el número de la cuenta corriente y el banco correspondiente. La referida autorización podrá constar en el convenio suscrito con la Entidad empleadora. Tal autorización podrá ser permanente, debiendo las entidades pagadoras conformar y mantener, debidamente actualizada, una base de datos con las autorizaciones de depósitos en cuentas corrientes. Además, las entidades pagadoras podrán pagar los conceptos correspondientes a los empleadores, a través de la emisión de cheques.
      
      En caso que se efectúe un solo depósito o se emita un cheque, por más de un beneficiario, las entidades pagadoras deberán tener una nómina de respaldo en que se identifique a cada beneficiario con su RUN, nombres y apellidos y se señalen los datos de la licencia médica de que se trata, los pagos parciales efectuados correspondientes a subsidios y cotizaciones, en los casos que corresponda, agregando el detalle del cheque extendido, nominativo a nombre de la entidad empleadora a la que se pagó o el detalle de la transacción a la cuenta de la entidad empleadora. Las C.C.A.F. deberán remitir la referida nómina a esta Superintendencia conforme al numeral 2.3. del Título II, del Libro VII, de este Compendio.

   3. Pagos indebidos
      
      Conforme lo establece el artículo 63 del D.S. N°3, de 1984, del Ministerio de Salud, cuando la C.C.A.F. o la Subsecretaría de Salud Pública hubieren pagado al empleador del sector público, o privado en convenio, el subsidio y/o las cotizaciones previsionales, originadas por una licencia médica que fue dictaminada o re dictaminada con su rechazo, invalidación o no autorización, deberá exigir directamente a ese empleador la devolución del monto indebidamente percibido. A su vez, la entidad empleadora deberá adoptar las medidas conducentes al inmediato reintegro, por parte del trabajador, de las remuneraciones indebidamente percibidas.
      
      Cabe señalar que las C.C.A.F., las Isapres o la Subsecretaría de Salud Pública, según corresponda, sólo podrán requerir la restitución de los montos que hubieren reembolsado a las entidades empleadoras del sector público o del sector privado con convenio, por concepto de licencias médicas inicialmente autorizadas y que, posteriormente, se hubieren rechazado o reducido, una vez que la COMPIN haya resuelto el respectivo recurso de reposición, ratificando la resolución que las rechaza o reduce, o hayan transcurrido los plazos de reclamo sin que se hubiere interpuesto.
      
      Sin perjuicio de lo anterior, conforme a lo resuelto por la Contraloría General de la República, por ejemplo, mediante Dictamen N° 34105, de 2010, la compensación, en tanto modo de extinguir las obligaciones, es una institución excepcional en el ámbito del derecho público, de manera que la atribución en favor de un organismo estatal para compensar debe ser explícitamente establecida por el ordenamiento jurídico. De esta manera, las C.C.A.F, la Subsecretaría de Salud Pública y las Isapres no podrán compensar devoluciones que correspondan por pagos indebidos, con los pagos que a su vez deban efectuar a título de reembolso a entidades empleadoras del sector público por licencias médicas previamente autorizadas.

   4. Prescripción del derecho del empleador al cobro
      
      El derecho del empleador a exigir el pago del subsidio y/o cotizaciones prescribirá en el plazo de 5 años, respecto a las C.C.A.F. y, en el plazo de 6 meses, respecto a la Subsecretaría de Salud Pública, desde que la licencia médica, en forma completa o reducida, sea autorizada o se entienda autorizada por la COMPIN o SubCOMPIN o, bien, sea autorizada mediante resolución exenta de esta Superintendencia, aún cuando no hubiere sido redictaminada por la COMPIN o SubCOMPIN, conforme lo establece el numeral 6, del Título III, del Libro III, de este Compendio.